Dès la saison 1999/2000, le théâtre oriente sa programmation vers la création contemporaine.
Fermé pour d’importants travaux de réhabilitation de 2004 à 2006, une salle en amphithéâtre voit le jour, ainsi qu’une nouvelle salle de cinéma.
Dès 2006, le théâtre met en place une politique de représentations en série et accueille une compagnie théâtrale en résidence sur trois ans.
En 2008/2009, les représentations théâtrales en série se développent et font l’objet de la signature d’une convention d’objectif avec le Conseil Général des Hauts de Seine.
En 2009/2010, tout en maintenant une programmation pluridisciplinaire, il développe des spectacles de marionnettes ou de théâtre d’objet.
En 2010/2011, le théâtre Jean Arp devient une « Scène conventionnée » pour les spectacles de marionnettes, le théâtre d’objets et aux autres formes mêlées, en signant une convention avec la Direction régionale des affaires culturelles d’Île-de-France.
En 2011/2012, Le théâtre poursuit sa politique de représentation en série, l’accueil et la co-production de spectacles de marionnettes.