Le Musée national Eugène Delacroix se situe dans l’ancien appartement et atelier de l’artiste peintre. Delacroix s’y installe le 28 décembre 1857 alors qu’il est malade. Aussi, il est content de trouver, par l’intermédiaire de son ami Etienne Haro (marchand de couleurs et restaurateur de tableaux), un logement calme et aéré, au premier étage, entre cour et jardin d’un immeuble faisant partie des anciens communs du Palais abbatial de Saint-Germain-des-Prés.
Cependant, s’il décède avant la fin du bail de 15 ans, les bailleurs se donnent le droit de rétablir les lieux dans leur premier état. E. Delacroix est autorisé à faire construire un atelier dans le jardin, relié à l’appartement par un escalier de fer. Les travaux accaparent l’artiste, en dépit des efforts d’E. Haro pour activer les entrepreneurs dirigés par l’architecte Jules Laroche.

L’artiste a vécu dans cet appartement jusqu’à sa mort le 13 août 1863.
La Société Saint-Vincent-de-Paul obtient la location de l’appartement et de son atelier.
En 1914, l’immeuble revient par héritage à Charles-Ernest Georges Panckoucke.
Des rumeurs circulant que Panckoucke veut démolir l’atelier pour y construire un garage, les membres de l’association de la Sauvegarde de l’art français essayent de faire classer l’atelier et le jardin aux « Monuments historiques ». Quelques peintres (dont Paul Signac et Henri Matisse), deux historiens de Delacroix (André Joubin et Raymond Escholier), ainsi qu’un amateur d’art (le Docteur Viau), constituent en 1929 sous la présidence de Maurice Denis, la Société des Amis de Delacroix, afin d’empêcher la destruction du lieu et obtiennent la location de l’atelier. Incapable de payer le loyer au-delà du premier semestre 1931, la Société sollicite la Ville de Paris pour assurer le loyer de l’atelier et appartement, ainsi que le financement de certains travaux. À la mort de G. Panckoucke, décidée à acquérir l’appartement, l’atelier et le jardin, mais dans l’incapacité de réunir les capitaux nécessaires, la Société des Amis d’Eugène Delacroix vend une partie de ses collections aux musées nationaux. Deux ans plus tard, elle cède les lieux à l’Etat pour y créer un musée.

En 1971, le musée Eugène Delacroix devient le musée national Eugène Delacroix.
Les façades et les toitures de l’immeuble, ainsi que le musée, le sol du jardin et l’atelier ont été inscrits sur l’inventaire supplémentaire des monuments historiques en 1991. Grâce à l’acquisition en 1992, d’une partie de l’appartement mitoyen du peintre, il a été doté d’un nouvel espace d’accueil et d’une salle d’information. Depuis 2004, le musée est rattaché au Musée du Louvre.